诸王府两套政权。
元王朝在云南行省之下设置路、府、州、县等各级行政机构。除“蛮夷”聚居的地区实行土官制度宣慰司、宣抚司、土知州等而外，基本上实行和内地一样的行政区划和政治制度。至元二十年1283年，开始在云南建立军事屯田，军事屯田的任务主要由蒙古、色目、契丹等民族组成的军队承担。[14]
蒙古、回回移民入滇，即将制炮术、采矿术、医药、天文历法等一些先进知识随同带入。[16]伊斯兰教在云南进入空前发展时期。回回人亦与当地人进行通婚和融合。[12]元代以前迁入云南的汉族移民，主要聚居在郡县治地。[15]
明朝
主词条：三征麓川
明朝建立后，明朝先后五次派遣使者入滇劝降，两次使臣被杀，劝降无果。洪武十四年1381年8月，朱元璋发布征云南诏令，命傅友德为征南将军、蓝玉为征南左副将军、沐英为征南右副将军。9月，自南京出发，兵分两路，从北、东两个方向大举向云南挺进。洪武十五年正月，昆明城被攻破，洪武十五年闰二月，大理城被攻破。至此，云南全境基本平定。[17]
明朝政府调整了对云南的管理方案，大量撤县并州[18]，洪武十五年1382年建立了承宣布政使司、提刑按察使司，实施了“土流并治”，“移民实滇，开发生产”[19]，平滇军队、戍边屯垦卫所军卒及其家属大多落籍云南。[13]洪武中期，明朝进行了大规模调军云南，屯种听征、组建卫所、屯田镇戍的军事移民活动。。明代初年，云南户口有59576户，到万历初年已增至471048户，其中军户总计335426户。[14]
云南内地设府、州、县，实行以流官为主的统治，在边远地区则建立宣慰司、宣抚司、安抚司、长官司、“御夷”府州等，全由土司管辖。矿冶业迅速发展，银、铜的产量居全国第一。[12][17]
明初开始，随着中央政权统治的深入，入迁的人口源源不断，除少数偏远的民族聚居区外，“夷化”过程基本中断。进入云南的汉族以聚居的形式分布于各重要地区，并在与当地各族的交流来往中发挥主体作用和影响，经相互融合而形成具有鲜明地方特点的云南汉族群体，[16]“夷人”汉族移民相互依存、相互交流、相互帮助、相互融合为形成“云南人”。
明代云南西南的“白夷”傣族贵族思伦发、思任发、思机发数次积聚力量，试图建立“麓川王国”，与明朝抗衡。明朝分别于1441年、1443年、1448年发动了征伐麓川的军事行动。嘉靖年间1522－1566，缅甸洞吾王朝对云南西部边疆的侵略活动愈演愈烈，侵占了滇西大片土司地方，并进犯姚关。1583年，明朝廷命邓子龙等率军前往云南抵抗。在今施甸姚关地区打败缅军，阻止了其进一步的侵犯。后十余年，明朝军队与洞吾军队长期征战于陇川、猛卯、猛密、蛮莫、孟养之间。[20]
明末，以李定国为代表的大西军，曾拥护流亡皇帝永历帝以昆明为根据地为抗击清军。
清朝时期
主词条：云南回民起义、重九起义
清顺治十六年1659年吴三桂进攻云南，永历帝及其随员逃至缅甸。康熙元年1662年，永历帝朱由榔及其子被吴三桂从缅甸逮回，绞死在昆明金蝉寺，明朝最后一代王朝覆灭。清康熙年间，吴三桂的叛乱被粉碎。
清朝沿袭明朝制度，在云南设承宣布政使司。滇南的元江府、普洱府等地，明代王朝势力尚未深入。清兵入滇，元江土知府那嵩抗清失败，顺治十七年1732年改设流官。雍正二年1724年威远改土归流，雍正九年1731年设置普洱府。雍正十年1732年设置他朗通判。[14]
雍正年间鄂尔泰推行“改土归流”，边疆部分地区仍保留土司制度。清代前中期对云南地区实施的府州升降、卫所裁并和改土归流等行政、疆域调整，在云贵地区系统地建立起中央行政管理和社会控制体系，并为外来移民的全面进入和深入开发创造了重要条件，对云南社会历史产生重大影响。[21]
雍正时期云南布政司领府23、直隶同知1、州31、土府、州各1，主要统治重心区域的行政设置基本沿袭前明，但土司、土官的建制数目比明代明显减少。[22]康熙六年1667年至嘉庆二十四年1819年间，云南地区有16个府级行政单位发生建置变动，调整面达到雍正朝全省府级数的667％。[23]雍正四年、五年1726、1727年，原隶四川的东川、乌蒙和镇雄三府经改土归流后分别划入云南，基本奠定了现代滇东北行政区划格局。[24]到嘉庆年间云南共领府14、直隶州4、直隶厅4。
乾隆朝对云南农业的开发[25]，保证了云南社会的稳定与经济发展，促进了云南人口的稳步增长。[26]清朝时期大量移民入滇，康熙朝开始在云南实行的“放本收铜”政策[27]，带动了交通业、商业等相关产业的发展。使汉文化在云南得到广泛和深入的传播，
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